質粒具有穩(wěn)定可靠和操作簡便的優(yōu)點。如果要克隆較小的DNA 片段( ＜10kb) 且結構簡單，質粒要比其它任何載體都要好。在質粒載體上進行克隆，從原理上說是很簡單的，先用限制性內切酶切割質粒DNA 和目的DNA 片段，然后體外使兩者相連接，再用所得到重組質粒轉化細菌，即可完成。但在實際工作中，如何區(qū)分插入有外源DNA 的重組質粒和無插入而自身環(huán)化的載體分子是較為困難的。通過調整連接反應中外源DNA 片段和載體DNA 的濃度比例，可以將載體的自身環(huán)化限制在一定程度之下，也可以進一步采取一些特殊的克隆策略，如載體去磷酸化等來最大限度的降低載體的自身環(huán)化，還可以利用遺傳學手段如α 互補現(xiàn)象等來鑒別重組子和非重組子。

　　外源DNA片段和質粒載體的連接反應策略有以下幾種：

　　1、帶有非互補突出端的片段

　　用兩種不同的限制性內切酶進行消化可以產(chǎn)生帶有非互補的粘性末端，這也是最容易克隆的DNA 片段，一般情況下，常用質粒載體均帶有多個不同限制酶的識別序列組成的多克隆位點，因而幾乎總能找到與外源DNA 片段末端匹配的限制酶切位點的載體，從而將外源片段定向地克隆 到載體上。也可在PCR 擴增時，在DNA 片段兩端人為加上不同酶切位點以便與載體相連。

　　2、帶有相同的粘性末端

　　用相同的酶或同尾酶處理可得到這樣的末端。由于質粒載體也必須用同一種酶消化，亦得到同樣的兩個相同粘性末端，因此在連接反應中外源片段和質粒載體DNA 均可能發(fā)生自身環(huán)化或幾個分子串連形成寡聚物，而且正反兩種連接方向都可能有。所以，必須仔細調整連接反應中兩種DNA 的濃度，以便使正確的連接產(chǎn)物的數(shù)量達到最gao水平。還可將載體DNA 的5' 磷酸基團用堿性磷酸酯酶去掉，最大限度地抑制質粒DNA 的自身環(huán)化。帶5' 端磷酸的外源DNA 片段可以有效地與去磷酸化的載體相連，產(chǎn)生一個帶有兩個缺口的開環(huán)分子，在轉入E. coli 受體菌后的擴增過程中缺口可自動修復。

　　3、帶有平末端

　　是由產(chǎn)生平末端的限制酶或核酸外切酶消化產(chǎn)生，或由DNA 聚合酶補平所致。由于平端的連接效率比粘性末端要低得多，故在其連接反應中，T4 DNA 連接酶的濃度和外源DNA 及載體DNA 濃度均要高得多。通常還需加入低濃度的聚乙二醇(PEG 8000)以促進DNA 分子凝聚成聚集體的物質以提高轉化效率。特殊情況下，外源DNA 分子的末端與所用的載體末端無法相互匹配，則可以在線狀質粒載體末端或外源DNA 片段末端接上合適的接頭(linker)或銜接頭(adapter)使其匹配， 也可以有控制的使用E. coliDNA聚合酶Ⅰ的klenow 大片段部分填平3'凹端，使不相匹配的末端轉變?yōu)榛パa末端或轉為平末端后再進行連接。